葛亮观金陵形势为“钟阜龙蟠、石头虎踞”，这只蹲踞江岸的老虎即指清凉山。
山上有座寺庙，是金陵最悠久的古刹之一，自建寺以来，历遭毁废。
寺庙创建于南朝，具体年代不详，唐中和年间渐兴。
四十年前，顺义年间，大丞相徐温重建，名兴教寺，请悟空休复禅师住持。
我唐国升元初，元宗李璟扩建兴教寺为清凉大道场，礼请文益禅师住持，从此，石头山改称清凉山。
文益禅师俗姓鲁，余杭人，七岁到新定智通院依全伟禅师出家，二十岁到越州开元寺受具足戒；后至明州育王寺学习律学及儒家经典。文益禅师善作文章，被希觉禅师誉为佛门子游、子夏。
文益禅师被禅宗玄妙旨趣所吸引，遂舍旧学，南下参访。先至福州长庆院，师事雪峰义存的弟子慧棱禅师，无所契悟。后至漳州，因避雨走进城西石山地藏院，见到桂琛禅师，经过点化，有所证悟，遂师事桂琛。后来又游方至临州，临州刺使请他住持崇寿院，名声大振，前来学禅决疑者多达千人。
元宗李璟闻名，请文益禅师至金陵住报恩院传法，赐号‘净慧禅师’，又住持金陵清凉院，门下弟子众多，不仅有国内的禅僧前来学习禅法，也有来自新罗、高丽、日本等外国僧人，可谓盛况空前。”