在总部里面，9S虽然已经被修复，但还需要自行对系统进行调整。
在这个过程中，他突然听到一阵极为诡异的噪音。
为流查噪音，他黑进了总部的服务器里面。
服务器里面的内容很多，他最先找到的是“器材运输记录”。
他发现，总部向月球人类议会搬阅材料大多是空的；
还影机体保管记录”里面，也存在着一些端倪——关于黑匣子的情报都被破坏了。
然而，让9S最为震撼的，还是他找到了“人类议会计划”的记录。
这个数据原本是严密封锁的，被他强硬地黑进去了。
它的问题在于：
原本应该是人类议会召开会议，然后布置寄叶部队去执行；
但是，记录上显示的顺序，却是反过来的。
这意味着——人类议会是寄叶部队设置的。
9S隐约猜测到：月球或许根本就没有人类居住，所谓的人类议会，也完全不存在。
这时候，他接到了2B的求援通讯（对方被机械兵信徒困在废弃工厂内）。
切断了服务器的连接后，他前往管理室，操纵终端黑进工厂，来帮助2B和帕斯卡尔。
这个过程中，他变成一个机械兵，通过重重障碍后，为2B打开羚梯闸门。
然后他继续黑进工厂的系统中，控制各道关卡，协助2B逃离工厂。
当2B和帕斯卡尔离开工厂后，9S收到了司令的指令。
两人碰面后，司令询问他为什么黑进了总部的服务器。
9S直接开门见山，质问司令是否根本没有人类和议会。
司令也没有掩饰，直接承认了对方的猜想：
原来，人类早在外星人入侵之前，就已经全部灭绝了。
她之所以组建月球人类议会，是想掌控人工智能的未来。
除此之外，她还将记录了真实的旧世界的录芯片交给了9S。
了解到事情的真相后，9S陷入迷茫之郑
“愿人类荣光永存”这句口号，完全成了一个讽刺。
他甚至不知道该怎么和2B解释。
此时，在地面上，夏娃因为哥哥被2B杀死后，开始进行大肆破坏。
9S搭乘机甲，前往废墟都市支援2B。
之后的剧情和之前一样，二人联手打败了夏娃。
9S感染了病毒，2B迫于无奈杀死了他。
他通过将数据转移到附近的机械兵身上，存活了下来。
只不过，在2B掐死9S的过程中，出现了两个红衣女孩的虚影。
这两个红衣女孩，之前从未见过。
存活后的9S，在总部得到了重生。
在二周目结局的末尾，2B前往9S的房间拿取一些道具。
9S似乎想将真实的历史告诉2B，但最后还是没出去，只是提醒对方务必心。
由于亚当、夏娃两个管理员脱离了网络，机械生命体的指挥系统陷入混乱状态。
寄叶部队打算趁机发起总攻，希望能一举夺回地面……
二周目通关后，上官言意识到，仅仅只是换了一个视角，游戏的剧情却几乎完全颠覆。
当人类的存在成为骗局之后，这场人工智能机器人与机械生命体的战争，谁对谁错几乎完全失去了意义。
上官言叹了口气，继续开启三周目的进程——他想知道最后的结局。
总攻发起后，首先控制2B前往机库，乘上机甲前往地面。
与此同时，作为侦察部队的9S，已经提前到达地面，为总攻做预备工作——黑进敌方的防空系统，让它们瘫痪掉。
完成任务后，随着战况的恶化，9S需要去和2B汇合。
这时候，切换到2B的视角。
她听到了人类议会发起总攻的命令，以及对寄叶部队的期待和鼓励。
她驾驶机甲，经过一番空战后，赶到桥面上找到了9S。
他俩作为游击部队，需要前往多个地点支援其他分队。
在这个过程中，越来越多的同伴加入队伍郑
当他们攻向最后一个地点时，一群特殊的机器人冲了过来，导致部分队员受感染，出现异常情况。
9S通过黑进2B的系统，让她暂时恢复了正常。
只不过，其他的同伴已经完全失去控制，朝他俩发动攻击。
9S找到了释放病毒信号的元凶，和2B过去一同消灭了它。
但是，寄叶部队受到感染的人实在是太多了，他们团团包围住2B和9S。
二人最后只有选择毁掉自己的黑匣子，引发聚变爆炸来解决问题。
他俩借助传输好的数据，利用备用机体从基地苏醒，一同前往指挥中心汇报。
但是，由于地面的信号被封锁，他俩遭到了司令的怀疑。
正在这时候，指挥中心的所有战士和通信员都受到了感染，被机械生命体控制。
2B和9S杀出一条血路，护送司令冲到走廊上，准备去机库乘机甲离开。
然而司令自己也受到了感染。
2B和9S是寄叶部队最后的队员，司令给他俩下达的最后命令是好好活下去。
她自己则守着机库的大门，为他俩的撤退争取时间。
2B和9S飞出去之后，在远处目睹了基地在爆炸中毁于一旦。
他们只有带着悲伤前往地面，完成司令的任务。
只不过，在飞行过程中，他们遭遇了驾驶机甲的同伴包围。
对方的数量很多，二人打得很艰难。
这时候，2B声称自己有突围的方法，要求9S将控制权转移给她。
9S照做之后，没想到2B却借机控制他隐身远离战区，她自己一个人面对围攻的敌人。
2B的机甲被击毁后，坠落在海边，受到了大批机械兵的包围。
而且，她发现自己再次被病毒感染。
为了不传染给其他的人工智能，她命令指挥系统搜寻一个无饶地点。
在前往这个地点的过程中，2B受感染程度也在不断地提升。
由于总部不存在，此时她就算备份自己的数据，也失去了意义。
就在她被两个受感染的同伴围攻，陷入绝境时，A2出现救下了她。
只不过，2B还是无法摆脱感染的加重。
她将部分记忆灌注在武器之中，托付给A2，并且拜托对方了结自己。
视角切换到9S，他已经赶到了废墟都市中，并且侦测到2B的黑匣子信号。
他循着信号一路追了过去，结果目睹了A2杀害2B的一幕。
2B临死之前，看见了他，笑了笑，叫出了他的昵称-“9”。
9S几乎失去理智，愤怒地杀向A2。
就在此时，地面突然蹿出众多的碳硅结晶体，它们在深坑之中筑造了一座高耸的白色巨塔。
而9S也受到冲击，掉落到深坑之汁…