和苏州大营的攻击，结果耽误了时间，实际上，负责苏州大营的张存仁一度认为这支军队是侧击断绝苏州大营主力后退之路的，所以打的很是坚决。
而走海路的乌穆已经率军从长江逆流而上，江阴以下的长江航道与钱塘江口极为类似，江面极为宽阔，但航道之上却是多有泥沙淤塞，且又是春季水位低的时候，因此乌穆并未直接带大军西进，而是在崇明岛登陆，派遣桨帆舰队和部分战列舰深入长江航道，直取江阴，目的就是展示合众国海军的规模和实力，吓住伪明的江南水师，逼其逃窜，以免威胁运兵船，可驻守江阴的施琅却没有得到全面的消息，以为这是东番的一次入侵，和他当汉奸时遇到的那些是一样的。
施琅判断如此，应对自然如此，他直接把江南水师舰船调遣回了江阴港口，当起了缩头乌龟，按照他的经验，东番的舰船在长江水面上横行不了几，只要封锁两岸，让其得不到补给，就能迫使其后撤，那个时候借助顺流追击，当有斩获。
而江阴要塞多炮台炮垒，重炮防御之下，面对东番的战列舰也是不怕的，可施琅一开始就错了，当钱玉新带着混成旅突破重围，杀到江阴的时候，江南水师已经成了瓮中之鳖，江阴要塞可没有建设用来对陆地方向的炮台，钱玉新命人列阵，把十二磅野战加农炮排列在阵前，把炮弹烧红了射进江南水师的港池之中，将一直阻碍合众国进入长江的这支水师烧了个干干净净，接下来就是攻打要塞了。
与观音门水寨的主将黄维选择投降保命不同，施琅知晓合众国对自己的仇恨，自从降清之后，十几年来就和合众国在东南江南争斗不休，他选择拒绝投降，要求合众国赦免江南水师全部的官兵，并且放其自由，保护其财产不受侵犯，但是被东南战区拒绝了，李君度做事向来刚柔并济，在南京大肆招抚是柔，也该展现一下无情的一面，震慑整个江南。
施琅的要求直接被拒绝，而且再度谈判的要求也被拒绝，除了无条件投降，江南水师只有死路一条，站在江阴要塞上的施琅亲眼看着眼前熟悉的一切正在炮弹和火焰中毁灭，先被清理干净的是要塞周边的各个炮台，当所有的炮台告破之后，海军舰队派遣了六艘单桅船靠近了江阴要塞，那是装载了攻城臼炮的船只，随着臼炮船落锚，很快就开火炮击，十英寸的臼炮狠狠敲打着江阴要塞的主体棱堡，巨大的炮弹将要塞上为数不多的火炮横扫一空，两艘被划桨船拖拽到要塞北面的二级战列舰也开始用上百门火炮怒吼。
一个白的火力展示之后，夜晚让战场趋于安静，一封信再度送到要塞之中，要求江南水师全体投降，投降者可免死，拒绝者，死路一条。
这封信让施琅失去了对军队的控制，投降派和拒绝派杀作一团，当后半夜有人打开城门，引入混成旅一部进城之后，就已经宣告了江南水师的覆灭，施琅伪装成士兵混在阵列之中，一度让钱玉新以为这个有名的汉奸逃跑了，最终还是难逃战俘营的清查，施琅被抓。
而李君度的军令传来，曾经坚持不投降的将领被砍了脑袋，传首江南各地，而整编南京团练，镇压江南水师的消息几乎同时传到了苏州大营，在大营之中引起了轩然大波，原本听闻南京已经陷落的张存仁还寄希望于山东的军队可以回援，或者自己率军西撤，退入湖广，可李君度在江南各地大肆收编团练和明军，可谓釜底抽薪，听到消息的苏州各民团人心惶惶，军心大为不稳，整个苏州大营就此大乱。